Если руководитель организации является ее единственным участником, заключать с ним трудовой договор не нужно.
Единственный участник общества должен своим решением возложить на себя функции единоличного исполнительного органа.
Управленческая деятельность в этом случае осуществляется без заключения какого-либо договора, в том числе и трудового. (Письмо Минздравсоцразвития РФ от 18.08.2009 № 22-2-3199)